どちらをすべきかは、まず現況で判断します。
以下の場合は、農地転用許可申請になります。
・耕作中の田畑の場合
・休耕中の田畑の場合
・耕作放棄地の田畑で、トラクターなどで耕せは耕作ができる状態に戻せる可能性がある場合
以下の場合は、非農地証明願いになります。
・数十年前から山林化、竹林化している場合
・沼地、池などになっている場合
・崖になっている場合
・その他、長い年月の経過でトラクターなどで容易に田畑に戻せない状態になった場合
判断が難しいのは違法転用している場合です。
・原則は、農地転用許可も非農地証明願も認められません。
・例外的に、違法転用をした時期、違法転用の度合い、違法転用に至った経緯、その他諸々の要素を総合的に判断して、是正を前提に農地転用許可申請ができる可能性や非農地証明願が認められる可能性も全くないわけではありません。
まずは専門の行政書士にご相談することをお勧めします。