市街化調整区域内の農地転用は許可が必要です。
市街化調整区域内の開発行為を行うには開発許可が必要です。
よって市街化調整区域内の農地を転用して開発行為を行う場合は、農地転用許可申請と開発許可申請を同時に行う必要があります。
（例）市街化調整区域内の畑に分家住宅を建てる場合
この申請の難しいところは
１．農地転用許可申請と開発許可申請の両方の許可がおりないと事業を行うことができない。
２．農地転用許可申請と開発許可申請ので申請部署が異なること。
３．同時期に許可がおりるよう、逆算して申請をする必要があること。
です。
農地転用許可を満たす事業計画が開発許可の要件を満たすとは限りません。
縦割り行政の為、申請者が両方の部門を行ったり来たりして、事業計画を調整をしていく必要があります。
一般の方には難易度の高い申請になりますので、専門の行政書士に依頼することをお勧めします。