違法転用している農地は農地転用申請できません

例えば無断で砂利を敷いて駐車場として使っている農地は違法転用です。
違法転用の状態のまま、事後承諾的に農地転用申請して許可を得ることは出来ません。
農地転用申請して許可を得るには、畑に戻す必要があります。
複数の農地を所有している場合は、農地転用申請しない農地も含めて全ての農地が違法転用していないことが農地転用申請の条件になります。